食品保健品的生產環境直接決定著產品的衛生狀況，因此要保證生產車間及生產用工具的清潔干凈，此外原輔料、生產工藝也要符合《食品生產許可管理辦法》的要求，確保食品生產的安全及衛生。潔凈生產車間所要控制的對象主要包闊塵埃粒子及微生物，根據食品保健品GMP要求，按生產工藝和衛生質量要求來劃分潔凈燈級，原則上應分為一般生產區、30萬級潔凈區、10萬級潔凈區。生產車間應設置備料室、潔具室、器具清洗室，并要達到與生產工藝要求相應的潔凈度；必須設置與生產產品種類相應的檢驗室和化驗室，應具備對原料、半成品、成品進行檢驗所需的房間、儀器、設備及器材，并定期鑒定，使其處于良好狀態；生產發酵產品應具備專用發酵車間，并應有與發酵、噴霧相應的專用設備；產品壓片、分裝膠囊、沖劑、液體產品的罐裝等均應在凈化車間內進行，應控制操作室的溫度、濕度，手工分裝膠囊應在有相應潔凈度的有機罩內進行，操作臺不應低于0.7米；應設置與生產品種和規模相適應的檢驗室，滿足物料、中間產品及成品等質量檢驗和控制要求；檢驗室、動植物標本室、留樣觀察室以及其他各類實驗室應當與生成區分開 致病菌檢測無菌室、微生物限度檢定室要分室進行。